Fue creado por la Ley Nº 8.929 de la República, en 1947, pero se inauguró oficialmente el 21 de noviembre de 1957 y desde entonces es una unidad de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam).

Se encuentra ubicado en el mismo lugar donde estuvo la casa quinta del ex intendente de Santiago y su principal inspirador y organizador fue el nieto de Benjamín Vicuña Mackenna, Eugenio Orrego Vicuña. 

Del inmueble original, construido hacia 1871, solo queda el edificio que Vicuña Mackenna ocupaba para trabajar, donde se encontraba además su biblioteca y archivo personal, declarado Monumento Histórico en 1992.

Además de la Biblioteca Histórica, el Museo posee tres salas de exposición permanente que abarcan diferentes aspectos de la polifacética vida de Benjamín Vicuña Mackenna: La Intendencia (1872-1875), Vida familiar y personal; e Ideas y Trayectoria Política. Siendo el objetivo primordial rescatar y poner en valor su legado, como referente para una discusión actualizada del presente y futuro urbano de Santiago.

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